La actividad científica de la Fundación Instituto Botánico de Venezuela se concentra en las líneas de investigación de Taxonomía vegetal y Florística, las cuales representan el eje central de los proyectos que son ejecutados en la Gerencia de Investigación y Desarrollo (GID).

Contempla estudios de grupos de plantas vasculares y no vasculares, así como de los ambientes donde éstos se desarrollan, involucrando además a la ecología y a la etnobotánica como líneas complementarias que  juegan un papel importante en la caracterización global del ambiente.